Prodi MSAA merupakan pengembangan dari salah satu konsentrasi yang berada di bawah Prodi Magister Akidah (S2 AFI) dan Filsafat Islam. Program Studi Magister AFI sendiri merupakan kelanjutan dari Program Studi Agama dan Filsafat yang berada di Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Berdasarkan Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor 78 Tahun 2015 tentang Penyempurnaan Surat Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Nomor 49 Tahun 2015 tentang Integrasi Program Studi Pascasarjana ke Fakultas di Lingkungan Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta, Prodi Magister AFI mulai beroperasi pada tahun akademik 2015/2016 yang terintegrasi di Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam. 

Prodi Magister Studi Agama-Agama (Prodi MSAA) menyelenggarakan kegiatan akademik didasarkan pada penetapan UIN Sunan Kalijaga sebagai lembaga pendidikan tinggi. Berdasarkan Surat Penetapan Menteri Agama No. 43 Tahun 1960, tanggal 9 Agustus 1960 secara kelembagaan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta resmi berdiri. Berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 50, Tahun 2004, Tanggal 21 Juni 2004 IAIN berubah menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta. Transformasi dari IAIN menjadi UIN ini berimplikasi pada perubahan visi, misi, tujuan, dan sasaran (VMTS) kelembagaan.