Profil lulusan adalah peran yang diharapkan mampu dilakukan oleh lulusan di masyarakat maupun dunia kerja. Profil ini merupakan outcome pendidikan yang akan dituju. Dengan penetapan profil, program studi dapat memberikan jaminan pada calon mahasiswa bisa berperan menjadi apa saja setelah menjalani semua proses pembelajaran. Adapun profil lulusan Program Studi Magister Studi Agama Agama, Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam, UIN Sunan Kalijaga adalah sebagai berikut: 

[1] Akademisi Bidang Studi Agama-Agama

[2] Peneliti Bidang Studi Agama-Agama

[3] Penggiat sosial-keagamaan dan interreligius

Sementara itu, kompetensi lulusan sebagai berikut:

[1] Menjadi pendidik/pengajar bidang Studi Agama-Agama yang mampu menjelaskan agama dari aspek ajaran dan kelembagaan berdasarkan teori secara holistik

[2] Menjadi peneliti yang produktif pada bidang Studi Agama-Agama yang menguasai metode penelitian dengan baik, dan mampu mengembangkan keilmuan melalui penelitian dengan media akademik secara komprehensif

[3] Menjadi penggiat (aktivis) dalam lembaga-lembaga sosial keagamaan, baik yang sifatnya swadaya masyarakat maupun pemerintahan yang mampu memberikan kontribusi dalam kehidupan sosial keagamaan sesuai bidang keilmuannya secara integratif